D’abord bénédictine, l'abbaye de Fontmorigny devient fille de Clairvaux en s’affiliant à l’Ordre de Citeaux sur les instances de Saint Bernard. Depuis les fils de Charlemagne, la règle de Saint Benoît est suivie dans tous les monastères d’Europe Occidentale. Les Cisterciens, Ordre fondé à la fin du XIème siècle, ne font qu’une relecture de cette règle (Ora et Labora).

Constitution du domaine foncier et début de la construction des bâtiments

Achèvement du dortoir des moines

L’implantation des bâtiments sur le site et leur évolution architecturale durant cette période illustrent les grandes étapes de l’histoire monastique cistercienne. L’implantation médiévale est caractérisée par deux ceintures de murs dont l’une clôt l’habitat journalier des moines - lieux réguliers situés autour de l’église où s’applique la règle de saint Benoît, et l’autre englobe un territoire plus large où s’exercent les activités non liturgiques - notamment agricoles.
À Fontmorigny, la première ceinture représente 5ha et la seconde environ 40ha. Les vestiges de ces murs sont encore visibles, l’un aux limites du jardin de l’abbé et l’autre à l’orée du bois.

Le réaménagement d’une partie des bâtiments des convers résulte de la décision de François Ier d’introduire le régime de la commende, système par lequel en nommant lui-même les abbés, il leur donne le privilège de prendre  pour leur compte personnel 2/3 des revenus de l’abbaye.

Réaménagement de l’église abbatiale en ne conservant que le chœur et deux travées de la nef (suppression des collatéraux et de plusieurs travées). 
Reconstruction complète du cloître afin de s’adapter aux besoins d’une communauté réduite à une dizaine de personnes.

L’abbaye est vendue comme bien national à un métallurgiste qui exploite les ressources en fer de son domaine. Les bâtiments conventuels sont utilisés pour loger les ouvriers  qui travaillaient dans le haut-fourneau de Feuillarde, puis plus tard dans l’importante usine sidérurgique de Torteron située à 800 m de l’abbaye et aujourd’hui en ruines.

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Pour en savoir plus sur le patrimoine industriel de proximité,  visitez le site  internet Pays de Loire Val d’Aubois qui a reçu en 2010 le label « Pays d’ Art et Histoire »

Le site est laissé à l’abandon et l’abbaye tombe en ruines.

Classement de l’abbaye comme Monument Historique

Rachat de l’abbaye en ruines.

Les propriétaires actuels s’attachent à revaloriser ce patrimoine culturel national à travers d’importants travaux de restauration réalisés chaque année. En parallèle, le développement d’activités culturelles tel que le festival “Musique à Fontmorigny“ permet de renouer avec le fondement même de l’abbaye, un lieu de vie.

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L'abbaye de Fontmorigny constitue aujourd’hui l’un des principaux sites culturels du Pays Loire Val d’Aubois.

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